Hasonlóan az egész világban megfigyelhető tendenciákhoz az 1990-es évek elején a korábbiaknál fokozottabb figyelem irányult a Duna és a Fekete-tenger állapotára is. Ezért a Duna-medencében számottevő (2000 km2-nél nagyobb) részesedéssel rendelkező országok a további állapotromlás megelőzése érdekében egy ú.n. Duna Védelmi Nemzetközi Egyezményt írtak alá Szófiában 1994. június 29-én. Ebben kifejezték azon szándékukat, hogy nemzetközi együttműködéssel lépnek fel a vizek szennyezése ellen és általában a fenntartható vízgazdálkodás megvalósítása érdekében. Az egyezmény teljes szövegét innen töltheti le.
ICPDR
A Duna-medence országai és azok együttműködése
A Duna vízgyűjtőjén 19 ország osztozik, közülük 14 olyan van mely több mint 2000 km2-el "járul hozzá" a 801.463 km2-es összterülethez. A Duna Védelmi Egyezmény, 13 országnak (Németország; Ausztria; Csehország; Szlovákia; Magyarország; Szlovénia; Horvátország; Szerbia; Bosznia és Hercegovina; Bulgária; Románia; Moldova és Ukrajna) és az Európai Uniónak, mint szerződő feleknek a megállapodása. Montenegró csatlakozása folyamatban van. Az Egyezmény célja, nevéből fakadóan, a Duna és egész vízgyűjtőjének védelme a szennyezésekkel, káros hatásokkal szemben. Az együttműködés koordinálása érdekében jött létre a Duna Védelmi Nemzetközi Bizottság (a használatos angol rövidítés szerint ICPDR), bécsi székhellyel. A Bizottság legösszetettebb feladata az EU Víz Keretirányelv követelményének megfelelő, az egész medencére kiterjedő vízgyűjtő-gazdálkodási terv létrehozásának támogatása. Itt hangsúlyozni kell, hogy az EU felé az egyes tagországok kötelesek jelenteni, az ICPDR az összhang megteremtéséért a felelős. A Duna Vízgyűjtő-gazdálkodási Tervet az érintett miniszterek 2010 februárjában deklarációval fogadták el.
Mivel a vízgyűjtőn EU tagok, csatlakozás előtt álló országok és további országok is vannak, meg kell említeni, hogy utóbbiak is elfogadták a VKI célkitűzéseit és együttműködtek a vízgyűjtő-gazdálkodási terv elkészítésében. Ugyanakkor látni kell, hogy a vízgyűjtő országai között óriási különbségek állnak fenn gazdasági szempontból (az egy főre eső GDP aránya meghaladja az 1:25-öt a leggazdagabb és legszegényebb országot összehasonlítva). Annak érdekében, hogy a vízgyűjtő 2000 km2-nél kisebb részei se essenek ki a tervezésből, a szerződő felek közül az, amely határos az ilyen kis vízgyűjtő-résszel rendelkező országgal, gondoskodott a megfelelő koordinációról (Svájc és Olaszország esetében Ausztria, Lengyelországgal kapcsolatban Szlovákia, illetve Albánia és Macedónia vonatkozó területe ügyében Szerbia és Montenegró volt a felelős.